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管海葵具有有史以来最大的动物线粒体基因组序

“你必需在它周围挖一个洞,有时像一米一样深,并阻止埋在沙子中的管子。所有这一切都必需在水下举办,同时携带潜水装备。不然,它埋没在埋藏的部门管子,你基础无法抓住它,“Stampar说。

因为它们是密切相关的物种,它们的基因序列应该是相似的,可是I. nocturnus有5条染色体,而P. magnus有8条,而且每个都有差异的基因构成。以前只在medusozoans,海绵和一些甲壳类动物中发明白这种变异。

“在这种技能中,你对基因组的位举办排序并将它们连成一个圆圈。问题是这只合用于圆形基因组。因为我们找不到一个封锁圆圈的部门,我们意识到基因组必需是线性的就像对付Medusozoa一样,“Stampar说。

管海葵Isarachnanthus nocturnus只有15厘米长,但具有迄今为止测序的任何动物的最大线粒体基因组,具有80,923个碱基对。譬喻,人线粒体基因组(mitogenome)包括16,569个碱基对。

I. nocturnus位于大西洋,位于阿根廷巴塔哥尼亚海岸,北至美国东海岸。P. magnus糊口在亚洲台湾岛周围的海洋情况中。两者都居住在最深15米的水域。

可是,在得出明晰的结论之前,还需要更多的数据。须要的数据大概来自这些物种的核基因组的测序,Stampar和他的小组规划在2019年底完成。

管海葵(Ceriantharia)是最近颁发在科学陈诉上的一篇文章的核心,该文章描写了由巴西Assis的圣保罗州立大学科学与文学院(FCL-UNESP)传授SérgioNascimentoStampar率领的一项研究的功效。

这两种管海葵中的有丝破裂原的形状及其含有的基因序列比它们的巨细更令人惊奇。

迄今为止可从数据库得到的两个物种的基因组由于难以对它们举办测序而不完整。完成研究后,研究人员将这些基因组宣布给GenBan,GenBan是由美国国立卫生研究院(NIH)的国度生物技能信息中心(NCBI)在美国维护的数据库。

这一发明为大概对刺胞动物(水,,甲壳类,息肉,珊瑚和海葵)举办了从头分类。所研究的管海葵好像与珊瑚和海葵形成一个独立的群体,并显示出与水母有一些相似之处。

“I. nocturnus的mitogenome险些是人类有丝破裂原的五倍,”Stampar说。“我们倾向于认为我们在分子上更巨大,但实际上我们的基因组在我们的进化进程中被更多'过滤'。保持这个庞大的基因组在能量耗损方面大概更昂贵。”

测序的另一个障碍是由于其难以捉摸的行为而难以收集这些动物。为了应对任何潜在的威胁,管状海葵埋没在长皮质管中,使其与真正的海葵区别开来,使捕捉变得不行能。

圣保罗海岸和南中国海

管海葵具有有史以来最大的动物线粒体基因组序

FAPESP按照与北卡罗来纳大学(UNC)在夏洛特的相助协议,为Ceriantharia(Cnidaria)的进化和多样性以及通过其圣保罗国际相助研究人员(SPRINT)项目按期拨款支持该研究。在美国。

Stampar表明说,有丝破裂基因比核基因组更简朴,在夜蛾的环境下,它还没有被测序。譬喻,人类核基因组包括约30亿个碱基对。本文报道的另一个发明是I. nocturnus和Pachycerianthus magnus(由Stampar小组研究的另一个物种,77,828个碱基对)具有雷同于medusae(Medusozoa)的线性基因组,而其他物种(Anthozoa)和大大都动物有圆形基因组。

“按照线粒体DNA的布局,人类和硬骨鱼比这两种海葵更相似,”Stampar说。

为了得出这些功效,研究人员在圣塞巴斯蒂昂(SãoSebastião)捕捉了标本,该标本位于巴西圣保罗州的海岸,以及位于南中国海的台湾。动物触须的小块用于测序其有丝破裂组织。

感激FAPESP的SPRINT打算的支持,美国俄亥俄州立大学的研究同事Stampar和Marymegan Daly在北卡罗来纳大学夏洛特分校与Adam Reitzel和Jason Macrander成立了相助同伴干系。Macrander其时是Reitzel的博士后研究员,是佛罗里达南边学院的传授。

Reitzel和Macrander专注于操作生物信息学过滤基因组学数据,并将数百万个小片断的线粒体DNA组装成单一序列。他们利用这种技能来得到两种物种的完整线粒体基因组。